PCR 引物3’端序列：
DNA聚合酶是在引物3’端添加單核苷酸，所以，引物3’端5～6個(gè)堿基與目標DNA的配對要求必須精que 和嚴格，這樣才能保證PCR有效擴增。正、反向引物互相不能互補，尤其是在3’末端，否則容易形成引物二聚體。
引物3’末端的穩定性由引物3’末端的堿基組成決定，一般考慮末端5個(gè)堿基的ΔG。?G值是指DNA雙鏈形成所需的自由能，該值反映了雙鏈結構內部堿基對的相對穩定性。應當選用3’端?G值較低（絕dui 值不超過(guò)9），負值大，則3’末端穩定性高，擴增效率更高。引物的3’端的?G值過(guò)高，容易在錯配位點(diǎn)形成雙鏈結構并引發(fā)DNA聚合反應。
如擴增編碼區域，引物3′端不要終止于密碼子的第3位，因密碼子的第3位易發(fā)生簡(jiǎn)并，會(huì )影響擴增特異性與效率。應當避免在引物的3’端使用堿基A，末位堿基為A的錯配效率明顯高于其他3個(gè)堿基。