PCR擴增DNA片段只是一個(gè)重要手段。擴增片段的檢測和分析才是目的，根據研究對象和目的的不同而采用不同的分析法。瓊脂糖凝膠電泳可幫助判斷擴增產(chǎn)物的大小，有助于擴增產(chǎn)物的鑒定，點(diǎn)雜交除可鑒定擴增產(chǎn)物外，還有助于產(chǎn)物的分型；Southern雜交分析可從非特異擴增產(chǎn)物中鑒定出特異產(chǎn)物的大小，增加檢測的特異性與敏感性，近期發(fā)展的一系列產(chǎn)物分析法（PCR-ELISA,PCR-EIA,PCR-OLA等）均有助于產(chǎn)物的精 確分析。
一、凝膠電泳分析法
PCR產(chǎn)物可通過(guò)瓊脂糖凝膠或聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測，以前者常用，通過(guò)電泳可以判斷擴增產(chǎn)物的大小。在臨床檢測中，僅通過(guò)凝膠電泳判斷擴增片段大小即可滿(mǎn)足檢測的需要。通常制膠方法為100mlTBE加1.5g瓊脂糖在微波鍋內溶解，稍冷后倒入電泳槽。
電泳后，用溴化乙淀染色20min，然后用去離子水漂洗2次，每次15min，于UV燈下觀(guān)察結果并拍照。
凝膠電泳不僅可以鑒定產(chǎn)物的大小，檢測擴增的情況，還可以用來(lái)純化擴增產(chǎn)物。
二、點(diǎn)雜交
當擴增產(chǎn)物是多條帶時(shí)，用點(diǎn)雜交更合適。這種方法的基本過(guò)程是，首先將擴增的DNA固定到尼龍膜或硝酸纖維素濾膜上，再用放射性或非放射性標記物標記的探針雜交。點(diǎn)雜交還有助于檢測突變DNA的突變類(lèi)型，用于人類(lèi)遺傳病診斷和某些基因的分型。放射性同位素32P標記的寡核苷酸探針檢測的敏感性、特異性和方法的可靠性均不容懷疑，對人們認識某些疾 病與基因變異的關(guān)系起了很大的作用。但是，由于同位素不穩定和放射性危害，不能常規用于臨床或法醫檢驗，用非放射性物質(zhì)（生物素、熒光素和地高辛等）標記的寡核苷酸探針?lè )治鯬CR產(chǎn)物以確定核酸序列變異則是一種簡(jiǎn)便而安 全的方法。非放射性標記物質(zhì)穩定性高，使用方便、安 全、檢測速度快。
三、微孔板夾心雜交法
該法是通過(guò)一固定于微孔板的捕獲探針與PCR產(chǎn)物的某一區域特異雜交使產(chǎn)物間接地固定于微孔板上。然后，再用一生物素等非放射性標記物標記的檢測探針與產(chǎn)物的另一區域雜交，漂洗后顯色即可判斷結果，該法需要兩個(gè)雜交過(guò)程來(lái)檢測一個(gè)產(chǎn)物，因此，其特異性較一次雜交的檢測法高。該法已用于HBV的檢測，其敏感度可達5個(gè)HBv DNA分子。此法的敏感性和特異性與PCR 32P探針的Southern雜交法相當。但PCR微孔板夾心雜交法操作簡(jiǎn)便、快速、避免了同位素標記探針的危害，顯色反應類(lèi)似于臨床常規應用的ELISA,適于臨床實(shí)驗室常規應用。
四、PCR-ELISA法
本法避免了電泳和雜交的步驟，適于常規ELISA記數儀檢測。因為5'端修飾后仍可進(jìn)行常規PCR擴增特異靶序列。因此，可以通過(guò)修飾一個(gè)引物的5′端使其攜帶便于PCR產(chǎn)物固定的功能基因，而通過(guò)另一引物5′-端的修飾使產(chǎn)物便于檢測。