合成cDNA引物的選擇：
1． 隨機六聚體引物：當特定mRNA由于含有使反轉錄酶終止的序列而難于拷貝其全長(cháng)序列時(shí)，可采用隨機六聚體引物這一不特異的引物來(lái)拷貝全長(cháng)mRNA。用此種方法時(shí)，體系中所有RNA分子全部充當了cDNA第1鏈模板，PCR引物在擴增過(guò)程中賦予所需要的特異性。通常用此引物合成的cDNA中96%來(lái)源于rRNA。
2． Oligo(dT)：是一種對mRNA特異的方法。因絕大多數真核細胞mRNA具有3’端Poly(A+)尾，此引物與其配對，僅mRNA可被轉錄。由于Poly(A+)RNA僅占總RNA的1-4%，故此種引物合成的cDNA比隨機六聚體作為引物和得到的cDNA在數量和復雜性方面均要小。
3． 特異性引物：特異的引發(fā)方法是用含目標RNA的互補序列的寡核苷酸作為引物，若PCR反應用二種特異性引物，第1條鏈的合成可由與mRNA 3’端靠近的配對引物起始。用此類(lèi)引物僅產(chǎn)生所需要的cDNA，導致更為特異的PCR擴增。