熒光染料也稱(chēng)DNA結合染料，目前主要使用的染料分子是SYBR Green I，SYBR Green I能與DNA雙鏈的小溝特異性的結合，游離的SYBR Green I幾乎沒(méi)有熒光信號，但結合雙鏈DNA后，其熒光信號可呈數百倍的增加。隨PCR產(chǎn)物的增加，PCR產(chǎn)物與染料的結合量也增大，其熒光信號強度代表雙鏈DNA分子的數量。
熒光染料的優(yōu)點(diǎn)：
1. 使用簡(jiǎn)便；
2. 可以與任何PCR產(chǎn)物結合；
3. 價(jià)格便宜；
熒光染料的缺點(diǎn)：
1. 不能區分不同的雙鏈DNA
2. 引物二聚體會(huì )影響檢測的敏感性
3. 非特異性產(chǎn)物會(huì )影響結果的敏感性
引物二聚體和非特異性擴增問(wèn)題可以通過(guò)熔解曲線(xiàn) (Melting curve) 進(jìn)行識別，進(jìn)而通過(guò)PCR引物的設計和反應條件的優(yōu)化得以解決。
總的來(lái)說(shuō)，SYBR Green I方法是一種*基礎也*常用的Real-time qPCR實(shí)驗手段。