Ct值定義：
閾值循環(huán)數 Threshold cycle (Ct) 也寫(xiě)作Cq值，熒光信號大于熒光閾值時(shí)PCR循環(huán)數。儀器軟件通常將第3-15個(gè)循環(huán)的熒光值設為基線(xiàn)（baseline），是由于測量的偶然誤差引起的。閾值（threshold）一般是基線(xiàn)的標準偏差的10倍。在實(shí)際操作中也可以手動(dòng)調節。高于閾值的熒光信號被認為是真實(shí)的信號，用于定義Ct值。Ct會(huì )受到閾值的影響，每次試驗由于樣品和儀器的不同會(huì )導致基線(xiàn)不同，進(jìn)而影響閾值和Ct值。
模板的Ct值與該模板的起始拷貝數的對數存在一定線(xiàn)性關(guān)系,起始模板量濃度越高，Ct值越??；起始模板量濃度越低，Ct值越大。PCR循環(huán)在到達Ct值所在的循環(huán)數時(shí)，剛剛進(jìn)入真正的指數擴增期（對數期），此時(shí)微小誤差尚未放大，Ct值的重現性較好，即相同含量的初始模板，得到的Ct值是相對穩定的。
Ct值不是恒定不變的，可以受到不同樣品、不同儀器的影響，即使相同的樣品在相同的儀器上重復2遍，Ct值也會(huì )存在差異。
與Ct值有關(guān)的參數：
標準曲線(xiàn)Standard curve：模板的Ct值與該模板的起始拷貝數的對數存在線(xiàn)性關(guān)系。利用已知起始拷貝數的標準品可作出標準曲線(xiàn)，其中橫坐標代表起始拷貝數的對數，縱坐標代Ct值。
相關(guān)系數Correlation coefficient (R^2) ：反映了標準曲線(xiàn)的線(xiàn)性，通常要求>0.99。
擴增效率Efficiency (E): 通常要求在90%~110%。效率低于100%，是由于PCR反應中存在抑制因素；而高于100%可能一些污染、非特異性擴增或者是引物二聚體造成。
斜率Slope ：當擴增效率為100%時(shí)斜率為-3.32，當90%-110%時(shí)的斜率為-3.58 ~ -3.10。