污染是細胞培育的大敵。預防和避免污染是細胞培育成功的要害之一。一開(kāi)始就要十分重視，避免污染，否則會(huì )前功盡棄，不僅浪費時(shí)間，并且浪費人力、物力，乃至形成無(wú)法彌補的丟失。 細胞培育中常見(jiàn)的生物污染類(lèi)型有6種，分別是xi菌污染、支原體污染、原蟲(chóng)污染、黑膠蟲(chóng)污染、真jun污染以及非細胞污染。他們在細胞培育中污染的特點(diǎn)如下：
1.支原體：黑色的，好象多為多形，培育液一般培育液一般會(huì )污濁，原體感染，國內血清許多都沒(méi)有做支原體陰性檢測，而支原體是牛血清中常見(jiàn)的微生物之一。并且它不能用過(guò)濾的辦法除掉。支原體感染細胞以后，細胞病變不很顯著(zhù)，只是漸漸死qu。
2. 真jun：一般培育液清亮，不變色，鏡下有絲狀物，有些真jun 開(kāi)始很像死細胞碎片，只是它許多許多的小塊很清楚，象珊瑚狀，不象細胞碎片分不清，漸漸的會(huì )長(cháng)出很細的黑色絲狀物。真jun 成長(cháng)的比較慢，不象xi菌那么簡(jiǎn)單被發(fā)現，但是一旦發(fā)現有它的存在細胞就被污染了，也很難救活了。
3. 黑膠蟲(chóng)：能夠穿透濾膜，也能夠通過(guò)空氣傳播，低倍下為黑色點(diǎn)狀，高倍下可看見(jiàn)黑色的小蟲(chóng)游來(lái)游去，培育液也是不渾的，一般不會(huì )太影響，細胞仍是能夠用的。常常是細胞成長(cháng)狀態(tài)杰出，且觀(guān)測到的運動(dòng)物無(wú)顯著(zhù)增多，且培育液色彩、透明度無(wú)顯著(zhù)變化，可在同一批號的血清養的細胞中發(fā)現類(lèi)似現象。對細胞成長(cháng)狀態(tài)不會(huì )有顯著(zhù)影響，在細胞增殖旺盛之后會(huì )天然消失，除替換血清外無(wú)須特別處理。
4. 非同種細胞污染 ：便是細胞交叉污染，因為細胞培育操作時(shí)各細胞株所需的器件和溶液沒(méi)有嚴格分隔，往往會(huì )使一種細胞被另一種細胞污染。
5. 原蟲(chóng)：培育液可細微污濁，顯微鏡下那些細微的點(diǎn)狀物數量十分多，細微活動(dòng)，細胞雖然能夠成長(cháng)但繁殖速度卻顯著(zhù)減慢，并且細胞狀態(tài)欠好，邊際不清楚，細胞不透亮。他們與細胞可共生但會(huì )與細胞爭奪養分。這種共生是十分普遍的，但他們的數量小，細胞站優(yōu)勢所以不會(huì )影響到細胞的正常成長(cháng)，只有當他們抵達必定的數量時(shí)就會(huì )影響到細胞的成長(cháng)，終形成惡性循環(huán)。
6. xi 菌：xi 菌在普通倒置顯微鏡下為黑色細沙狀，依據感染xi菌的不同，可有不同的外形，培育液一般會(huì )污濁變黃，對細胞成長(cháng)影響顯著(zhù)。
現在，世界上已有幾十種細胞都被 HeLa 細胞所污染，致使許多試驗宣告無(wú)效。非細胞培育物所形成的化學(xué)成分的污染也偶有發(fā)生，大多是因為細胞培育所需物品清洗消du 不徹底而帶入一些有毒化學(xué)物質(zhì)所造成的。